Clustercomputing voor sociale wetenschappers met R

Wat leer je?

In deze cursus leer je de basis van supercomputing. De dag begint met een inleiding in de architectuur van supercomputers, inclusief een hands-on sessie gericht op het uitvoeren van taken op een supercomputer.

De tweede helft van het programma richt zich op het vertalen van jouw R workflow van een GUI (Rstudio) workflow op jouw desktop naar een scripting/batch omgeving op de supercomputer. Onderwerpen die hier aan bod komen zijn onder andere: efficiënt programmeren, parallel computing, en het gebruik van de SLURM job manager om jouw job/analyse naar de supercomputer te sturen.

In deze cursus zul je:

• Praktische oefeningen doen om te leren hoe je de nationale supercomputer Snellius effectief kunt gebruiken en hoe je jouw taken met minimale inspanning in de kortst mogelijke tijd kunt voltooien.
• Ervaren hoe je hoge prestaties kunt bereiken met R door gebruik te maken van de supercomputerfaciliteiten bij SURF.

Vereisten:

• Basiskennis van Linux (Unix shell) is nuttig
• Basiskennis van R is nuttig

Je moet beschikken over:

Een eigen laptop met een up-to-date browser en een terminal emulator (Putty is prima voor gebruikers van de OSSC/CBS RA-omgeving). Het gebruik van de besturingssystemen Linux en macOS heeft de voorkeur, maar is niet verplicht. Voor Windows-gebruikers raden wij aan om MobaXterm (draagbare versie) te downloaden als terminalemulator. Als je beperkt bent in je keuze, werkt Putty ook.

De voertaal van deze training is Engels.